Bei etwa 85 % der Betroffenen beginnt die MS mit Schüben. Ein Schub ist eine akute neurologische Funktionsstörung, die mindestens 24 Stunden andauert und sich durch eine Vielzahl von Symptomen äußert. Oft bilden sich die Beschwerden nach einem Schub vollständig zurück, manchmal bleiben sie aber auch teilweise bestehen. Zwischen den Schüben verschlechtert sich der Gesundheitszustand nicht. Diese Form wird auch als schubförmig remittierende MS (engl. relapsing-remitting MS, RRMS) bezeichnet.

Nach einigen Jahren mit einem schubförmigen Verlauf der Multiplen Sklerose entwickelt sich die MS bei manchen Patient:innen zu einer SPMS, d. h. es beginnt ein fortschreitender Verlauf. Ärzt:innen sprechen von einem „sekundär progredienten Verlauf“ (progredient = fortschreitend). Dabei kommt es zu einem Fortschreiten der Erkrankung auch unabhängig von Schüben – meist sind diese MS-Symptome nicht eindeutig bemerkbar (z. B. die Aufmerksamkeit und Konzentration bei Gesprächen fällt zunehmend schwer, die Müdigkeit tagsüber wird stärker, das Gleichgewicht beim Gehen wird schlechter). Wann der Wechsel von einer RRMS zu einer SPMS einsetzt, kann nicht vorhergesagt werden. Mit einer entsprechenden Therapie kann dieser Zeitpunkt hinausgezögert werden. Der Anteil der Betroffenen, welcher nach 10 Jahren in eine SPMS übergeht beträgt etwa 40 %.

Bei etwa 15 % der MS-Betroffenen verläuft die Erkrankung von Anfang an progredient, also fortschreitend. Dazwischen kann die Erkrankung auch wieder stillstehen oder zumindest keine wahrgenommenen Symptome verursachen. Dies nennt man „primär progrediente MS“ oder kurz PPMS. Von PPMS sind zumeist Patient:innen mit späterem Krankheitsbeginn betroffen, die beim ersten Auftreten der Multiplen Sklerose älter als 40 Jahre sind.